需要参考学校的admission requirement，保险起见，也可以任意选择你所意向的申请院校的招生办公室邮件询问：4年学制的本科提前毕业对申请是否有影响。应该可以得到明确的答复。
另外需要考虑的是：如果本科三年毕业，申请研究生时候，美国有很多院校会不接受三年本科的情况。所以要提前做好research，以免耽误自己的申请。